对于即将爆发的中日战争，海军司令部根据总参的总体战略制定了自己的作战计划。必须说明的是，总参谋部正确地预料到了日本海军的作战思维，预料到日本海军将采取封锁战略堵死中国海军的出口，因此协助海军针对性地制定了避开日本海军主力、以袭击其运兵船和运输舰为主要目的的作战方案。这个方案下，潜艇部队将担负主要的作战任务，制定了东海两大潜艇基地被日军摧毁后的备用方案。方时俊总司令面对海军强烈求战的情绪，强调海军实力尚不足于正面迎战日本海军，“我们不做傻瓜。这不是怯弱，而是审时度势。保留火种以待时间是正确的方针，业已得到总统的批准。陆军不会责难我们的，我向你们保证。”
